En este siglo, los colegios civiles e institutos científicos y literarios se fueron transformando en universidades que fueron consolidando su autogobierno
Al asumir Justo Sierra el cargo de subsecretario de Instrucción Pública, en 1902, formó el Consejo Superior de Educación, en cuyo seno fueron repetidamente consideradas y debatidas sus iniciativas sobre la enseñanza superior, las que desembocarían, en 1910, en la creación de la Universidad Nacional de México y la Escuela Nacional de Altos Estudios. Sierra consideraba que, a través de la Universidad, que agruparía a varias de las escuelas nacionales profesionales existentes en la ciudad de México (Jurisprudencia, Medicina, Ingeniería, Bellas Artes, en su sección de Arquitectura, así como la Preparatoria y la nueva de Altos Estudios), podría desarrollarse un modelo ejemplar para instituciones afines en el territorio nacional. Además, que a través de ella sería posible instaurar una autoridad educativa en materia de formación universitaria.
Los primeros años de vida de la Universidad Nacional fueron difíciles, dado el contexto de la lucha armada revolucionaria. No obstante, logró sobrevivir y a partir del gobierno del presidente Venustiano Carranza asumiría nuevas funciones. Para atender los asuntos relativos a la educación superior, Carranza (1917) el Departamento Universitario y de Bellas Artes, dependiente de la Secretaría de Estado. La nueva dependencia depositaba en la figura del rector de la Universidad Nacional el control y regulación del sistema en el ámbito federal y también la opción de generar iniciativas y proyectos para otros niveles y modalidades de estudio como, por ejemplo, los correspondientes a la enseñanza técnica e industrial. La dependencia contaba también con autoridad para la supervisión y regulación del conjunto de instituciones de educación básica a superior en la jurisdicción del Distrito Federal.
El siguiente gobierno, encabezado por Adolfo de la Huerta (junio-noviembre de 1920), designó a José Vasconcelos en el doble cargo de rector de la Universidad Nacional y director del referido Departamento Universitario y de Bellas Artes, posiciones que fueron ratificadas por el presidente Álvaro Obregón al asumir la Presidencia en diciembre de 1920. A partir de ese momento Vasconcelos tomó la responsabilidad de instituir la Secretaría de Educación Pública, de la que fue su primer titular en 1921. En la primera estructura de la SEP, el Departamento Universitario y de Bellas Artes quedó comprendido en un nuevo Departamento Escolar, al que se integraron todos los niveles educativos. No obstante, la Universidad Nacional retuvo, hasta su primera autonomía (1929), competencias para el reconocimiento de instituciones públicas y particulares de educación superior. Con la promulgación de la Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma los caminos se habrían de bifurcar.
En los Considerandos de dicha ley de autonomía se indica: “No obstante las relaciones que con el Estado ha de conservar la Universidad, ésta, en su carácter de autónoma tendrá que ir convirtiéndose a medida que el tiempo pase, en una institución privada, no debiendo, por lo mismo, tener derecho para imponer su criterio en la calificación de las instituciones libres y privadas que impartan enseñanzas semejantes a las de la propia Universidad Nacional” (Considerando número 12).
La norma reconocía, sin embargo, el derecho de la Universidad a “establecer otras facultades, escuelas, o instituciones, o admitir su incorporación.” (Artículo 5o). Como una derivación de las nuevas disposiciones, el mismo año (1929) se expidió la Ley Reglamentaria de las Escuelas Libres, al amparo de la cual se emitieron los primeros decretos presidenciales otorgando reconocimiento de validez oficial. Los establecimientos que obtuvieron la concesión fueron la Escuela Libre de Derecho y la Escuela Libre de Homeopatía, ambas reconocidas por la autoridad educativa federal en 1930. En 1931 se otorgó el mismo reconocimiento a la Escuela Libre de Obstetricia y Enfermería. En 1932 se aprobó el Reglamento para la Revalidación de Grados y Títulos, en reemplazo del decreto de 1929. Bajo esta norma, el presidente Lázaro Cárdenas expidió en 1937 el Decreto de autorización al Instituto de Ciencias Sociales, Económicas y Administrativas y en 1939 hizo lo propio con la Escuela Bancaria y Comercial.
En el ámbito de los estados, la educación superior se impartía a través de los colegios civiles e institutos científicos y literarios fundados en el siglo xix, y también mediante escuelas profesionales creadas ex profeso para el cultivo de disciplinas tales como medicina, ingeniería (civil, mecánica y eléctrica), abogacía, contaduría y algunas más. En las primeras décadas del siglo xx se fundaron algunas universidades, ya sea mediante la transformación de colegios e institutos o bien a través de la reunión de escuelas profesionales preexistentes.
Entre las primeras instituciones con la figura de universidades públicas cabe citar, en orden de antigüedad, las de Michoacán, Sinaloa y San Luis Potosí. La Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo fue fundada en 1916 a partir del Colegio de San Nicolás de Hidalgo, las Escuelas de Artes y Oficios, la Industrial y Comercial para Señoritas, Superior de Comercio y Administración, Normal para profesores, Normal para profesoras, Medicina y Jurisprudencia, así como la Biblioteca Pública, el Museo Michoacano, el de la Independencia y el Observatorio Meteorológico del estado. En su fundación le fue concedida autonomía, poco después, sin embargo, esta prerrogativa quedaría reducida, por mandato del gobernador Francisco J. Múgica, a una “autonomía técnica”.
En Sinaloa, en 1918 el Colegio Rosales fue transformado en la Universidad de Occidente y decretada su autonomía. La nueva institución comprendía los niveles académicos de secundaria, normal, bachillerato, educación para adultos y educación continua, carreras técnicas y de licenciatura. No obstante, por insuficiencia de fondos y otros recursos, dicha institución retornó, en 1922, a la denominación de Colegio Civil Rosales. En 1937 se transformó en Universidad Socialista del Noroeste y, en 1941, en Universidad de Sinaloa.
El antecedente de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí es el Instituto Científico y Literario del estado (1859). En 1922 el gobierno local decidió dotar de autonomía a la institución y un año después cambiar su denominación por la que hasta el momento ostenta.
