Entre escuelas profesionales, institutos científicos y literarios y colegios civiles se desarrolló la transición que llevaría de los colegios religiosos a las universidades
Los institutos científicos y literarios constituyen el eslabón que concatena las enseñanzas que se impartían en los colegios religiosos en el período virreinal, con las escuelas de formación profesional que, en el siglo XX, habrían de dar lugar a las universidades públicas de los estados. En esos establecimientos se concentró la educación media, la enseñanza superior y la instrucción profesional que, en el transcurso del siglo XIX, se limitó prácticamente a los estudios de jurisprudencia, medicina e ingeniería, no obstante que también se impulsaron otros aprendizajes de carácter científico y técnico, como física, matemáticas, botánica, farmacia y química, y también de bellas artes y artes aplicadas.
Pese a las iniciativas liberales de los primeros gobiernos independientes, la universidad permaneció en funciones hasta 1833, en que por primera vez se decretó su suspensión. En un bando del 21 de octubre de ese año se instruyó a la Dirección General de Instrucción Pública a que clausurara la Universidad por ser ésta “inútil, irreformable y perniciosa”. En el período inicial de la vida independiente hubo una suerte de convivencia entre la tradición universitaria, de corte eclesiástico, y los intentos modernizadores que buscaban la renovación de la enseñanza superior a través de la ciencia y el humanismo laico.
En la primera República Federal (1824-1835) se crearon institutos científicos y literarios en Zacatecas, Toluca, Chihuahua, Oaxaca y Jalisco y fueron renovados los colegios de Puebla y Guanajuato. En el Sureste del país se autorizó, en 1824, la creación de la Universidad Literaria de Yucatán, que funcionó hasta 1861, año en que se fusionó con el Colegio Civil de Yucatán. Aparte de la Universidad Literaria, se crearon en el estado, que entonces comprendía en una sola entidad a Yucatán y Campeche, el Liceo Filológico y Científico, en Campeche 1824, el Instituto Literario de Mérida, en Yucatán 1832 y la Academia Yucateca de Matemáticas, en Yucatán 1832.
Como efecto de la reapertura de la Universidad de México en 1834 –con el nombre de Universidad Nacional Pontificia– el mismo año se ordenó la reapertura de la Universidad Nacional de Guadalajara. Al año siguiente se reinauguró la institución, pero su desarrollo en esa etapa habría de transcurrir en el nuevo entorno centralista. Con el retorno del federalismo, se determinó la reapertura del Instituto de Ciencias de Jalisco y por ende la clausura de la universidad. Sin embargo, las dos instituciones (instituto y universidad) coexistirían hasta 1851 en que esta última es vuelta a cerrar. La segunda República Federal (1846-1856) daría ocasión al surgimiento de otras instituciones con el mismo modelo, como es el caso del Instituto Científico y Literario de Toluca y el Colegio de San Nicolás en Michoacán.
A pesar de su oposición contra los institutos científicos y literarios, los gobiernos centralistas impulsaron nuevas vertientes de educación superior de carácter profesional. En 1845, se fundó la Escuela de Comercio y Administración sostenida por el Tribunal de Comercio, que hacia 1867 se transformó en la Academia Comercial de los Economistas e Industriales de México, y en 1853 se decretó que las Escuelas de Veterinaria y Agricultura constituyeran el Colegio Nacional de Agricultura. Además, en 1856 se decretó el establecimiento de la Escuela Industrial de Artes y Oficios, antecedente importante de la formación superior en disciplinas tecnológicas. En 1853 se creó la Escuela Nacional de Agricultura y en 1859 se decretó la creación, en el estado de Nuevo León, del Colegio Civil de Nuevo León, al cual le fue incorporada la Escuela de Jurisprudencia, fundada en 1824 y la de medicina, abierta en 1859. El mismo año, en el estado de Tamaulipas, abrió sus puertas el Instituto Literario de San Juan, en la ciudad de Matamoros.
En 1861, tras el triunfo de la causa liberal, fue declarado Juárez presidente constitucional por el Congreso. Juárez nombró a Ignacio Ramírez ministro de Justicia e Instrucción Pública quien, en abril del mismo año, promulgó un decreto de reorganización educativa en la jurisdicción federal. En la ley de 1861 se suprimió finalmente la universidad y en su lugar se decretó el establecimiento de escuelas profesionales: Escuela de Medicina, Cirugía y Farmacia, Escuela Especial de Ingenieros, Escuela de Agricultura y Veterinaria, Escuela de Naturalistas. En 1867 se fundó la Escuela Nacional Preparatoria (ENP), institución que representaría un ámbito formativo e intelectual de primer orden en la refundación universitaria del siglo XX.
En tanto, en el interior del país la educación superior se desarrolló a través de los colegios civiles y los institutos científicos y literarios. Varios de estos establecimientos tenían como antecedente colegios religiosos, principalmente jesuitas, aunque la ruptura con el viejo régimen desaconsejaba continuidades explícitas.
A resultas de las leyes de desamortización de las propiedades eclesiásticas, algunos colegios religiosos se transformaron en civiles, pero otros institutos surgieron al amparo de las reformas legales de finales de la década de los sesenta del siglo XIX.
De ese periodo datan las siguientes instituciones: Ateneo Fuente (Saltillo, Coahuila, 1867); Colegio Civil de Aguascalientes (1867); Instituto Literario del Estado de Yucatán (1867); Instituto Científico de San Luis Potosí (1869); Instituto Literario del Estado de Hidalgo (1869); Instituto Literario del Estado de Guerrero (1869); Colegio Civil del Estado de Nuevo León (1870); Instituto Veracruzano (1870); Instituto Civil del Estado de Querétaro (1871); Instituto Literario del Estado de Morelos (1872); Colegio Rosales (Mazatlán, 1874); Colegio Civil de Querétaro (1876); Instituto Juárez de Tabasco (1879); Instituto Civil y Literario del Estado de Durango (1860), e Instituto Literario del Estado de Chiapas (1877).
En la renovación de los colegios e institutos de enseñanza superior, la mayor parte de los cuales es el antecedente inmediato de las universidades públicas de los estados sobresale la introducción de formaciones de tipo tecnológico, principalmente las ingenierías, así como la implantación de algunas carreras de base científica, como químico, biólogo, matemático y geógrafo, entre otras. Naturalmente prosigue en estas instituciones la formación de médicos, juristas, historiadores, filósofos y otras especialidades humanísticas asentadas desde la época colonial y se inicia una línea de desarrollo en las profesiones de administración y contabilidad.
